La sede storica dell'Accademia è il Teatro degli Oscuri, a suo tempo realizzato dai fondatori, ove possibilmente si svolgono le pubbliche riunioni nonchè le assemblee, mentre la sede legale e operativa, ove si tengono le riunioni del Consiglio Direttivo e le attività di natura esecutiva, è denominata in ossequio alla tradizione "Stanza delle Scienze" ed è ubicata in via S.Martino, 7 in Torrita di Siena.